Tomó posesión el 6 de mayo de 1894 con el discurso titulado Estudio comparativo sobre el origen y formación de las lenguas neosánskritas y neolatinas. Le respondió, en nombre de la corporación, Francisco Fernández y González.

Francisco García Ayuso se licenció en Filosofía y Letras por la Universidad de Madrid en 1884 y se doctoró en ella en 1885. Realizó estudios en latín, francés, inglés, alemán, griego y hebreo en Ávila. Más tarde, en Múnich, estudió siríaco, etíope, turco, árabe, persa, sánscrito, zend y asirio.

Comenzó su carrera docente como profesor auxiliar en la Universidad Central de Madrid y fue catedrático de Lengua Alemana en el Instituto San Isidro de Madrid. Fue traductor de idiomas en la Dirección General de Aduanas. Dirigió una academia de lenguas en Madrid, en la que se impartían diecinueve idiomas —asirio (inscripciones cuneiformes), turco, antiguo persa, sánscrito, hebreo, danés, sueco...—.

Según explica Fernando Escribano Martín en el Diccionario biográfico español, «fue especialista en filología, filosofía y religión indias, y a estas disciplinas dedicó varios de sus libros. Tradujo y estudió, por otra parte, los viajes de varios exploradores europeos. Hizo también una serie de estudios sobre temas históricos, y geográficos en base a la documentación europea que él manejó y que en España era casi inaccesible por falta de traducciones. […] Su ingente trabajo hay que contextualizarlo en el ámbito de los estudiosos españoles del siglo xix que, conscientes del retraso del panorama cultural español con respecto al europeo, invirtieron todo su esfuerzo y preparación personal en equipararnos en ciencia y cultura con el continente».

Autor de una extensa bibliografía, entres sus obras destacan El estudio de la Filología en su relación con el sanskrit (1871); Gramática árabe según el método de Ollendorf (1871); Estudios sobre el Oriente. Los pueblos iranios y Zoroastro (1874); Estudios sobre el Oriente: Irán o del Indo al Tigris. Descripción geográfica de los países iranios, Afganistán, Beluchistan, Persia y Armenia (1876); Cabos sueltos de la historia o hechos importantes de la historia y de las tradiciones de los pueblos, examinados a la luz de los descubrimientos modernos (1876); Viajes de Livingstone al África Central, desde 1840 a 1873 (1876); Ensayo crítico de Gramática comparada de los idiomas indo-europeos, Sanskrit, Zend, Latín, Griego, antiguo Eslavo, Litauico, Godo, antiguo Alemán y Armenio (1877); Los descubrimientos geográficos modernos en África y en el Polo Norte. Exposición de los viajes hechos [...] al África, Asia, Oceanía y América y de las expediciones al Polo Norte (1877); El Afganistán. Descripción histórico-geográfica del país, religión, usos y costumbres de sus habitantes. Redactado con sujeción a las relaciones de viajeros contemporáneos (1878); Libro de lectura alemana, o colección de obras escogidas de la literatura alemana en prosa y verso (1880); Gramática inglesa. Método teórico-práctico, con un catecismo gramatical en inglés, para aprender a hablar este idioma (1882), y Las religiones y los idiomas de la India (1883).

• Diccionario biográfico español de la Real Academia de la Historia.
• Documentación académica de Francisco García Ayuso.